NISAの確定申告ガイド。「非課税なのに申告が必要」なケースを整理した

「NISAは非課税だから確定申告は関係ない」と思ってる方、多いですよね。自分も最初はそう思ってました。

でも調べてみると、「NISAを使っていても確定申告が必要になる場合がある」ということを知って、ちょっとびっくりした記憶があります。FP2級の勉強で税制を学んでいたのに、この点は自分の投資と結びつけて考えていなかったんですよね。

この記事では、NISAと確定申告の関係を整理します。ざっくり言うと、NISAで利益が出た分には申告不要ですが、他の所得控除や損益通算が絡むと申告が必要になるケースがあります。

投資の税金全般はこちらの記事で詳しく解説しています → 投資で絶対知っておくべき税金の話

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NISAは非課税。でも確定申告が必要な場合がある

NISAが非課税である仕組み

NISA口座で運用した利益（売却益・分配金・配当金）には、税金がかかりません。

通常、投資で得た利益には約20.315%の税金がかかります。でもNISA口座を使うと、この税金がゼロになります。10万円の利益が出たとき、通常口座なら約2万円が税金で引かれますが、NISA口座なら10万円まるごと手元に残ります（出典: 金融庁「新しいNISA」2024年）。

「非課税」でも確定申告が必要な場面がある

NISAの利益そのものには申告不要です。でも、こんな場合は申告が必要になります。

• NISAとは別の証券口座（特定口座・一般口座）で損益通算したい
• 医療費控除を受けたい
• ふるさと納税の確定申告方式を使いたい
• 副業や不動産収入がある

「NISA口座だけ使っている＆給与所得のみ」という方は、基本的に確定申告は不要です。でも上記に当てはまる場合は、NISAとは別の理由で確定申告が必要になります。

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確定申告が不要なケース（大多数）

給与所得者×特定口座（源泉徴収あり）×NISAのみ

会社員として給与をもらいつつ、NISAのつみたて投資枠でインデックスファンドを積み立てているだけ、という場合は確定申告は不要です。

• 給与の税金 → 会社が年末調整で処理
• NISAの利益 → 非課税なので申告不要
• 特定口座（源泉徴収あり）の利益 → 証券会社が自動納税

この3つがそろっていれば、自分で確定申告する必要はありません。

FP2級で「給与所得者の確定申告義務」を学んだとき、「会社員は年末調整があるから申告しなくていい」という基本原則を覚えました。NISAはこの例外にさえ入らないので、確定申告の必要性はさらに低いということです（出典: 国税庁「確定申告が必要な人・不要な人」）。

口座のパターン別まとめ

口座の種類	NISAの利益	確定申告の要否
NISAのみ（利益のみ）	非課税	不要
特定口座（源泉徴収あり）のみ	課税済	不要（原則）
特定口座（源泉徴収なし）	課税	必要
一般口座	課税	必要

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確定申告が必要なケース

ケース① 複数口座の損益通算をしたいとき

NISA口座以外の口座間で損益通算したい場合、確定申告が必要です。

例えば、A証券の特定口座で50万円の利益・B証券の特定口座で30万円の損失が出た場合。それぞれ独立して計算すると、A証券で約10万円の税金がかかります。しかし確定申告して損益通算すると、課税対象は20万円に減り、税金は約4万円で済みます。差額6万円の節税効果があります。

複数の証券会社を使っている方は、損益通算のために確定申告する価値があることを知っておいてください（出典: 国税庁「上場株式等の譲渡損失の損益通算及び繰越控除」）。

ケース② 医療費控除を受けたいとき

医療費控除は、1年間の医療費が一定額を超えた場合に所得から控除できる制度です。

この控除を受けるには、確定申告が必要です。NISAの利益・損失とは直接関係ありませんが、「医療費控除のために申告する年は、特定口座の損益もまとめて申告するのがお得なケースがある」という話があります。

申告をしたことで所得が確定し、配当の総合課税との比較ができるようになるためです。FP2級ではこのあたりの「申告の連動」も試験に出ていたので、知っておいて損はないです。

ケース③ ふるさと納税で確定申告を使うとき

ふるさと納税には「ワンストップ特例制度」（確定申告不要）と「確定申告方式」があります。

ワンストップ特例は申し込み先が5自治体以内・給与所得者のみが条件です。これを超える場合や、副業収入がある場合は確定申告が必要です。ふるさと納税で確定申告が必要になった場合、投資の損益もその申告でまとめて処理できます。

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NISA口座内の損失は損益通算できない

これは知らない人が多い大事なポイント

NISA口座内で損失が出ても、他の口座の利益と損益通算することはできません。

例えば、NISA口座で30万円の損失が出ていて、特定口座で50万円の利益が出ている場合。特定口座の50万円に対して約10万円の税金がかかります。NISA口座の損失は「なかったことになる」という感覚です。

なぜ損益通算できないのか

NISA口座は「利益が出たら非課税」という特別扱いを受けています。そのかわり、「損失が出たときの恩恵（損益通算）」も受けられない設計になっています。

特典と制約がセットになっているわけで、「利益は非課税だが損失は損益通算にも使えない」という点は、NISA口座を使う際に理解しておく必要があります（出典: 国税庁「NISA口座で保有する上場株式等の損失の取扱い」）。

損益通算できない点を踏まえた口座の使い分け

口座	利益	損失
NISA口座	非課税	損益通算・繰越控除に使えない
特定口座（源泉徴収あり）	20.315%課税	同一証券会社内で自動通算
特定口座（源泉徴収なし）/ 一般口座	20.315%課税	確定申告で通算可能

「値動きが大きく損失のリスクも高い商品」をNISA口座に入れるべきかどうか、一度考えてみる価値があるかもしれません。

自分は損益通算できない点を知ってから、NISA口座には「長期保有前提のインデックスファンド」を中心に入れるようになりました。短期で売買するつもりのものは特定口座の方が使い勝手がいいこともあります。

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証券口座の開設がまだの方へ

投資を始めるには証券口座が必要です。SBI証券・楽天証券ともに口座開設は無料で、NISA口座も同時に申し込めます。どちらも主要なインデックスファンドを取り扱っており、初心者でも始めやすい環境が整っています。

Point: NISA口座の利益は非課税なので、原則として確定申告は不要。ただし「外国税額控除」を受けたい場合は申告が必要です。

注意: 海外ETFの配当金は現地で源泉徴収されます（米国なら10%）。NISA口座では外国税額控除が使えないため、この10%は取り戻せません。

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まずは公式サイトで必要書類を確認してみてください。

まとめ

NISAと確定申告の関係をまとめるとこうなります。

• NISAの利益そのものは非課税で確定申告不要
• 損益通算・医療費控除・ふるさと納税などで申告が必要になるケースがある
• NISA口座の損失は損益通算に使えない。これはNISAの「非課税特典のかわりに払うコスト」と理解する

「NISA＝確定申告一切不要」ではないのですが、大多数の給与所得者×つみたて投資枠のケースでは申告不要です。まず自分のケースに当てはまるかを確認してみてください。

投資信託の分配金や税効率についてはこちら → 投資信託の分配金とNISAの組み合わせ方